アルサさん、いろいろな心配があるようですが、まずはHPV感染と子宮頸ガンについて説明しましょう。

HPVは、ごくありふれたウイルスで、細かく分類すると100種類以上のタイプがあります。
このうち、いくつかのタイプのHPV(高リスク型HPVといいます)に感染すると子宮頸ガンになる危険があります。
ただし、高リスク型HPVに感染すると必ず子宮頸ガンになるわけではありません。高リスク型HPVに感染しても、ほとんどの人は数ケ月あるいは数年のうちにHPVを排除してしまいます。
ただ、何十〜何百人に一人くらいにHPVが住み着いてしまい、何年あるいは何十年かして子宮頸ガンになるのです。
高リスク型HPVは子宮頸ガンの究極の原因ですが、これだけでは子宮頸ガンにならず、いろんな悪条件が重なって子宮頸ガンになるわけです。

逆にいうと、究極の原因である高リスク型HPVの感染を防げれば、子宮頸ガンを予防できます。
日本で最近認可されたHPVワクチンは、高リスク型HPVの中でも子宮頸ガンに一番関係の深い2つのタイプのHPV感染を防ぐものです。この2つのタイプのHPV感染を防げれば子宮頸ガンの70%を予防できるとされています。

では、ワクチン以外にHPVの感染を防ぐ方法はないのかといえば、そんなことはありません。
HPVが子宮頸ガンを引き起こすためには、膣や子宮の粘膜にHPVが感染しないといけませんが、その感染するルートはセックスだけと言ってよいのです。
つまり、HPVに感染した男性の体の一部(ペニスや指など)が、膣や子宮の粘膜に触れることで、HPVが感染します。自分で触っただけでは感染しません。
ということなので、ワクチン接種以外にHPVの感染を防ぐには

(1)セックスしない(ペニスを挿入しないだけでなく、指も入れない)
(2)ペニスや指が膣･子宮粘膜が触れ合わないようにする

の2つの方法があります。

(1)の方法ができれば一番確実ですが、できないことも多いでしょう。アルサさんも、この点でお悩みなのですね。
(2)の方法は、まず、きちんとコンドームを使うということ。挿入の直前にあわててコンドームを着けるのではなくて、セックスの最初から最後まで、きちんとペニス全体をしっかりカバーするようにコンドームを着けることです。
これで、感染の危険をかなり減らせます。ただ、残念ながら危険はゼロにはなりません。

コンドームで覆われていない陰嚢(いんのう)などの部分が膣粘膜に触れることがあるし、指を中に入れれば指から膣や子宮の粘膜に感染することがあります。
このように感染を完全に防ぐことはできないため、コンドームによって危険を減らすことはできても、ゼロにはできないのです。

さて、2回目の接種を終えた時点でどの程度免疫力ができているかですが、個人差が大きくて一概には答えられません。
アメリカの臨床試験のデータなどを見ると、2回目の接種から1ケ月たてば、かなりの免疫力がついている人が多いようです。ただし、この免疫力を長続きさせるために3回目の接種が必要です。
つまり、きちんと2回接種して1ケ月くらい期間をおき(この間に免疫力が高まります)、正しくコンドームを使えば、HPV感染のリスクをかなり減らせます。
しかし、ゼロにはなりません。

このゼロではないリスクと、好きな人とセックスすることの幸福感、どちらが大きいか、これはアルサさんの価値観になります。
自分で自分の心に問いかけて、答えを出してみてくださいね。