12さん、「その時の薬は喉には効いてないんですよね?」とのことですが、ご心配なく。喉にもちゃんと効いてます。

クラミジアの治療に使う薬は内服薬(のみ薬)ですが、内服薬は胃腸から吸収され、血液で全身に運ばれるので、膣〜子宮だけでなく喉にも届いています。
また、クラミジアの治療によく使われるジスロマックやクラリスなど「マクロライド系」と呼ばれる抗生物質は、特に喉や気管、気管支に浸透しやすいので、喉の感染にはよく効きます。
ですので、仮に出産前の検査で膣〜子宮だけでなく喉にもクラミジアがいたとしても、1度の治療で両方とも治っています。

また、クラミジアは喉の粘膜には住み着きますが、舌や唇の粘膜にはほとんど定着できません。
ですから、万が一、喉にクラミジアがいたとしても、キスや口移しで相手にうつしてしまうことはないです。この点についても心配なさらなくて大丈夫です。

ひとつだけ少し気掛かりなのは、ご主人のことです。
出産前検査でクラミジア感染がわかった時にきちんと説明されたと思いますが、12さんが感染しているなら、ご主人も感染している可能性が高いです。
ですので、お二人一緒に治療しないといけません。もしも、ご主人が治療していないと、12さんがせっかく治療しても、またご主人からうつされてしまいます。
ご主人もちゃんと治療したことは、確認しておいてくださいね。
この点さえ確かなら、心配いりませんので大丈夫ですよ。