たなぃさん、お悩みのようですね。ご質問の内容は、法律と医学のずれにかかわる問題です。
先に結論を言えば、ヤーズにも避妊効果はあります。ご安心ください。

ヤーズは世界の多くの国で使われている低用量ピルです。ほとんどの国では避妊の目的で使われています。
ただ、日本では製薬会社が厚生労働省に保険適用の薬(病院で健康保険を使って処方できる薬)として申請する際に、月経困難症の治療薬として申請したのです。

法律にかかわる話になりますが、そもそも健康保険は病気の治療のためのものです。妊娠も、妊娠を防ぐ対策(避妊)も、どちらにしても病気ではないから、避妊ためということでは保険適用を申請できないのです。
月経困難症は病気として認められているので、その治療のための薬としてならば、保険適用を申請できます。

もう一つ法律にかかわる話になりますが、こうして特定の病気の治療用として厚生労働省で認可された薬は、認められた病気の治療のためにしか処方してはいけないという規則があります。
それ以外の効果をうたい文句にして薬を保険適用で処方すると、ルール違反になります。

例えば、風邪薬として認可された薬は風邪の治療にしか使ってはいけなくて、生理痛のために処方してはいけないのです(実際には、風邪薬に含まれる鎮痛解熱剤が生理痛に効くこともあるのですが)。

こういうルールがあるので、月経困難症の治療薬として認可された薬を「避妊にも効くよ」と言って保険適用で処方することはできません。法律上は、ヤーズはあくまで月経困難症の治療のための薬なのです。
そのため、「避妊薬ではありません」というただし書きが付いたのでしょう。

ただし、これはあくまで法律上の話であって、医学的に言えば、ヤーズは低用量ピルなのだから、もちろん避妊効果があります。
その効果は、マーベロンやオーソなど避妊用ピルとして自費で処方されるピルと比べて、決して劣るものではありません。ご安心ください。

月経周期に関しては、ヤーズは、ほかの低用量ピルと同じように、休薬期間中に生理が来ます。
基本的に3週間の服薬期間+1週間の休薬期間、あわせて4週間(28日)が生理の周期になります。
これまで、25日とか30日とかの周期で生理が来ていた人は、これまでと生理の周期が違ってきますが、だからといって体に害があるわけではありません。この点もご安心ください。