ちょびさん。クローン病そのものも、決定的な治療法のない難病なので、不安の種であるでしょう。それに加えて月経不順も重なったら、不安もさらに深まることと思います。
医者として、安易な希望を語ることはできないのですが、お寄せいただいた疑問にはできるだけ的確にお答えしたいと思います。

体重が落ちることというか、より正確には、体脂肪が減ることは月経不順の原因になります。女性ホルモンが作られるためには、ある程度の体脂肪が必要だからです。
その「程度」は人によって差はありますが、体脂肪率が15〜20%を下回ると、女性ホルモンが乱れ、月経不順、無月経が起こり得ます。

そのため、やせすぎない工夫をしないといけませんが、ちょびさんの場合、体重減少の原因は検査のストレスはもちろんありますが、それだけではありません。
クローン病そのものもが消化器疾患で栄養の吸収を妨げるので、やせる原因になります。また治療に使う薬の中にも、その副作用で食欲不振を引き起こすものもあります。
それから先ほども触れましたが、クローン病という難病を抱えていること、そのもののストレスももちろんあるでしょう。

これらの原因は、いずれもなくしてしまうのは難しいですが、少しでもその影響を軽減する工夫を主治医と相談なさってください。
消化器に負担をかけずに栄養が吸収されるように食事の内容を工夫するとか、治療薬を見直すとか、食欲を増し消化器のはたらきを高める薬(漢方薬なども含めて)を併用するとか。
また、様々なストレスに対しては、カウンセリング、精神療法も有効です。

ただし、これらの対応策でも効果が不十分で、月経不順が改善しない場合は、女性ホルモンを補うという方法も可能です。
妊娠に関しては、クローン病の治療薬の中には妊娠中に使うのを差し控えるほうが良いものもあるので、妊娠を希望していることを主治医にきちんと伝えて、治療法について十分に相談なさってください。
その上で、自然な妊娠が難しいようであれば、不妊治療を専門とする医療機関にご相談なさるとよろしいかと思います。

これら、様々な対応策の可能性を追求して、ちょびさんの悩み･不安が少しでも軽減されることを願っています。